El cuatro de enero de 1997, en una reunión convocada por los señores Armando Chávarry Cholán y Jorge Vidal Asencio y algunos profesores con inquietud magisterial, se acuerda la formación de la Empresa Promotora denominada Complejo de Servicios Educativos “Magister” S.R.L. Esta es la empresa que promueve hoy al Colegio Isaac Newton, modalidad Educativa Básica Regular.
Con fecha 15 de setiembre de 1997 se expide la Resolución Directoral Sub Regional Sectorial N° 2209-97 mediante la cual se Crea el Colegio Privado de Ciencias “Isaac Newton” con los niveles de Educación Inicial, Primaria y Secundaria; siendo sus primeros directivos Armando Chávarry Cholán como Gerente y Jorge Vidal Asencio Sangay, como Director.
Luego el 9 de marzo de 1998 con una nutrida concurrencia de padres de familia, profesores, autoridades, alumnos y público en general, se apertura el primer año de funcionamiento del Colegio Privado de Ciencias “Isaac Newton”.
A sus 24 años de creación, nuestro colegio ha crecido aceleradamente, llegando a obtener la imagen y prestigio que toda la comunidad cajamarquina conoce, logrando un lugar preferencial entre las Instituciones Educativas Privadas de la localidad de Cajamarca, habiendo asimismo logrado premios y estímulos a nivel local, regional y nacional; contando con personal directivo completamente identificados con la Institución y una plana de profesores altamente calificados que aseguran el servicio educativo que se oferta.
Desde el año 2016 hasta la actualidad nuestra institución “Isaac Newton” está presidida por Jorge Luis Burgos Iglesias, como Director, y Luis Mego Díaz como Gerente.
Hemos recibido el "Reconocimiento a la Excelencia Académica" otorgado por la Pontificia Universidad Católica del Perú, desde el año 2017.
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